Martin Winiger studierte Klarinette am Konservatorium Zürich bei Heinz Hofer.

Im Zentrum seines Wirkens steht – verbunden mit seiner langjährigen Lehrtätigkeit an der Kantonsschule Wattwil und der Musikschule Toggenburg – seine Arbeit als Ensemble- und Orchesterleiter und insbesondere als Big Band Leader.

Seit 25 Jahren leitet er die Big Band Kanti Wattwil, die er 2009 und 2011 jeweils zum Titel «Beste Jugend Big Band der Schweiz» führte. Sowohl mit der „BBKW“ als auch mit der Trigger Concert Big Band, einer ambitionierten, „semi-professionellen“ Big Band aus Rapperswil-Jona, realisiert er laufend neue Konzertprojekte, oft in Zusammenarbeit mit nationalen und  internationalen Gastsolisten wie Edmar Castaneda (Harfe), Bert Joris (Trompete), Perico Sambeat (Altsaxophon), Joris Roelofs (Bassklarinette), Michael Zisman (Bandoneon), Flip Philipp (Vibraphon), Barbara Dennerlein (Hammondorgel), Johannes Enders (Tenorsaxophon), Adrian Mears (Posaune) oder den Bandleadern Pepe Lienhard und Peter Herbolzheimer uvm.

Von 1999 bis 2010 sowie von 2015 bis 2019 war Martin Winiger auch für die Einstudierung der Bläser des Jugendorchesters «il mosaico» verantwortlich. Ausserdem ist er als Klarinettist im Bläserensemble «Primavera» aktiv.

Winiger‘s kontinuierliche, musikalische Arbeit als Big Band Leiter ist in der Schweizer Jazzszene nicht unbeachtet geblieben. So wurde er als Gast-Bandleader für Konzerte mit dem Swiss Jazz Orchestra oder dem Zurich Jazz Orchestra eingeladen.

Martin Winiger leitet die Kadettenmusik Zug.